日本是在“明治维新”时期逐步废除中医的。

明治元年（1868年），政府决定引入西医（西洋医学採用の被仰出書）；

明治3年（1870年），相良知安建议以德国医学为范本，翌年被采纳；

明治7年（1874年），文部省颁布了“医制”；

明治8年（1875年），东京、大阪、京都实施了医师资格考试（医術開業試験）；

当时，医师的总数有27650人，西医师5123人，中医师（漢方医）22527人，中医界反对声音强烈。为此，明治10年（1877年）对就职于公立医院的医师免试，明治15年（1882年）对中医子弟中年满25岁者给予了开业许可（〈漢方開業医の子弟にして，この年六月満二十五歳のものに限り開業許可証を与える〉），但这些只是过渡方案；

明治16年（1883年），内务省发布了医师执业资格（医師免許規則）及执业资格考试（医術開業試験規則）规则，考试内容包括内科、外科、药学等；翌年开始考试；

明治24年（1891年）中医界的协会“温知社”提出医师执业资格的修正案；

明治28年（1895年），中医界提出的医师执业资格修正案在国会表决，78票赞成，105票反对，被否决。至此，保留中医运动（漢方継続運動）失败，西医得到公认；

明治39年（1906年），《医师法》制定并实施，医师制度得以确认；

大正5年（1916年），医师资格考试（医術開業試験）废止，至此，医师将只可从医学院（大学医学院、医学院、医学专科学校等）毕业生中产生。

图中时间轴的M代表明治；T代表大正；S代表昭和。